近未来的日本，一座名为“疏濑”的平凡城市。市民们日复一日地过着波澜不惊的生活，唯独山冈之上那座由医疗机器制造厂兴建、外形酷似熨斗的工厂显得格外突兀。每天到了固定时刻，它总会如刚烫完衣物般喷涌出大量蒸汽。六年级小学生直太、高中生少女真见美（也是直太那位留学在外的哥哥的女友），两人常常在河边结伴打发着慵懒的时光。原本这似乎将是永远延续的日常，却随着传说中的“蜜蜂女”——晴子驾驶着电车径直撞向直太，而宣告彻底终结。这场离奇的相撞让直太的头上长出了奇怪的角！而行为乖张的晴子更是顺理成章地以女佣身份住进了直太家中。晴子身上隐藏的秘密，以及她口中时常念叨的“FLCL”究竟有何含义？这一切，正将直太的生活推向翻天覆地的未知深渊。
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