《仙剑奇侠传三》的故事发生在《仙剑》第一代的五十年前。彼时，李三思初坠人世，巫后尚在襁褓，而剑圣亦还未拜入蜀山修仙。这一切纷争的源头，始于锁妖塔顶端突然坍塌、封印解除。然而，更深层的因果，却要追溯至千年前的神界。昔日，神将军飞蓬与魔将军重楼因两界冲突而屡屡交手，难分胜负，两人渐生惺惺相惜之意。重楼邀飞蓬前往新仙界决斗，飞蓬经不起诱惑答允。两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动天庭。天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间，就此落败。光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬入人间，历经多次转世，成为了渝州城永安当的小伙计景天，他胸怀大志，渴望成为一名蜀山大侠。而重楼自魔界窥探人间，发现飞蓬的转世竟如此卑微平凡，遂滋扰蜀山，毁坏锁妖塔，寻得了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳所铸炼的魔剑。与此同时，景天与唐门大小姐唐雪见因随身玉佩的彼此吸引，以一场热闹而又尴尬的相遇结识，成了一对欢喜冤家。其实，雪见与景天正是彼此的有缘人，两人皆来历不凡，身藏几世的秘密。重楼寻到景天向他发起挑战，并将魔剑交予了他，从此彻底改变了景天的生活轨迹。随着雪见家族的剧变，二人阴差阳错步入了江湖的血雨腥风。他们先是卷入雪见家族的内部斗争以及唐门与霹雳堂的争斗之中，随后又结识了蜀山大弟子徐长卿及其未婚妻紫萱。一直隐藏在魔剑中的鬼魂也化身而出，她正是景天前世龙阳的妹妹——龙葵。等待这群人的，将是更加惊险的前程与重大的责任……