《竖笛与双肩背包第二季》表面上，宫川敦志（置鲇龙太郎 配音）是一个身高一米八的成熟男性，可实际上，他只是一个年仅12岁的小学五年级少年。由于异于常人的身高，他在女生群体中意外享有极高的人气，但也因此平添了许多不为人知的烦恼。与之形成鲜明对比的是他的姐姐——宫川敦美（钉宫理惠 配音）。目前就读高中二年级的敦美，却有着仅一米三七的超娇小个头，这使她常常被误认为是敦志的妹妹。上天开了一个充满戏剧性的玩笑，而这对体型与年龄完全“倒置”的姐弟，却在接踵而至的困扰与麻烦中，努力而乐观地生活着。在他们身边，还有一群善良而单纯的人：暗暗喜欢着敦志的沙夜（平野绫 配音），对敦志格外在意的班主任盛山二见（田宫智惠 配音），以及一直陪伴着敦志的好友小绿（柏山奈奈美 配音）和小纯（东城咲耶子 配音）。每一个人都在用自己特殊的方式，默默地守护并帮助着这对特别的姐弟，共同交织出一段温馨逗趣的日常。