《十三格格新传》由真实历史改编而成，讲述清朝末年北洋水师大败之后，惊惶失措的慈禧太后紧急召十三格格回宫辅佐政务。留洋多年的十三格格学以致用，凭借过人的智慧巧妙周旋于各种旧势力之间，虽几经风险，终得全身而退。北洋水师大败，慈禧接十三格格回宫辅佐政务。十三格格向慈禧献上铁路图，奕欣举荐铁路专家张海生辅佐十三修建样板铁路。修建铁路的过程中，玄亲王带头抗拆，李莲英的三弟也带头私搭乱盖，多骗补偿款。十三格格亲临第一线，调查取证，指挥若定，终于把他们制服。慈禧的弟弟、隆裕的父亲桂祥以给百姓钉门牌为理由横征暴敛，导致百姓暴动，十三格格闻知此事将他法办。在合作的过程中，十三和张海生逐渐产生了感情。但七贝勒深爱十三，以致因爱成狂，甚至误了大事，被慈禧贬到东陵看守皇陵。慈禧在十三的劝告下，决定和皇帝一起祭拜东陵，给人以帝后和睦的印象。李莲英的管家把这个消息卖给了匪徒，匪徒沿路狙击慈禧，幸得七贝勒飞身相救。匪徒剿灭了，七贝勒也被打死了。一年后，十三格格挽着张海生，在他的坟前祭拜。