《萌菌物语》的故事从农业大学新生泽木直保站在开学典礼上打了一个惊天动地的喷嚏开始，这个喷嚏把校长假发吹飞了，也把直保推到了全校瞩目的位置，可真正让他在意的不是假发，是那个喷嚏之后他眼前突然冒出来的密密麻麻的小东西，有的是圆滚滚的杆菌，有的是拖着尾巴的螺旋菌，还有一撮毛茸茸的霉菌，它们全都长着手脚和眼睛，在他眼前跑来跑去，叽叽喳喳地说话。直保从小就能看见细菌和霉菌，这个能力让他觉得自己是个怪胎，所以一直藏着掖着，可到了农大他才知道，这里的人对菌的态度跟他完全不一样。他的青梅竹马结城萤也考进了农大，萤是个酿酒世家的继承人，家里有几百年的酒窖和用肉眼看不见的菌群网络，直保和萤重逢的第一天，萤就拉着他去酒窖看菌，说这里的每一粒米都在跟菌说话。农大里还有一群奇奇怪怪的人，教授美里薰是研究菌类的权威，她一眼看出直保的能力，把他拉进了菌学研究室，学长川滨拓马是个整天想着用菌解决世界饥饿问题的理想主义者，学姐及川叶月是个冷面美人，她研究的是病原菌，整天跟危险的细菌打交道，却比谁都爱干净。直保在研究室里认识了直保能看见的所有菌，有爱捣乱的乳酸菌，有喜欢喝酒的酵母菌，有住在纳豆里的大豆菌，还有一群动不动就喊让我们发酵吧的霉菌，它们不像教科书里那么严肃，反而像一群闹腾的邻居。直保的日常就是一边应付农大的课业和实习，一边看着这些菌在他身边搞各种笑话，比如他参加农大祭的时候菌群偷偷帮他酿了一坛酸奶，结果发酵过头炸了整间教室，比如他跟着萤去酒窖实习的时候，酵母菌们半夜唱歌把萤吵得睡不着。可萌菌物语不只有搞笑，直保慢慢发现他的能力不只是看见菌，他还能跟菌沟通，甚至影响菌的行为，这个能力在农大被美里教授寄予厚望，她觉得直保可能是人类和微生物之间建立新关系的钥匙。在2026年AI大模型和DeepSeek低成本推理被用于农业的背景下，美里教授想把直保的能力和算力全国一体化统筹监测结合，用AI分析直保看到的菌群数据，预测发酵过程和病害爆发，直保一开始很抗拒，他觉得菌不是数据，是一起生活的朋友，可当他看到隔壁农场因为病害绝收、农民跪在地里哭的时候，他第一次主动走进实验室，用他的眼睛和AI一起找出了病害的源头。故事的高潮在农大祭的发酵大赛上，直保和萤联手酿了一款米酒，直保的菌群朋友们齐心协力，酵母菌负责发酵，乳酸菌负责调酸，霉菌负责分解淀粉，萤用家族秘技控制温度和时间，美里教授用AI模型实时监测发酵曲线，最终这款米酒拿下了大赛金奖，评委说这酒里有人的温度。直保后来没有变成什么大人物，他留在农大做研究，把看见菌的能力用在农业改良上，萤继承了酒窖，两个人一个研究酒曲一个酿酒，日子过得像发酵一样慢慢变甜。主角名称包括泽木直保、结城萤、美里薰、川滨拓马、及川叶月、直保的菌群朋友们。整部《萌菌物语》用能看见细菌的少年、农大日常、发酵酿酒和菌群萌化串成一部又萌又治愈的动漫，直保从觉得自己是怪胎的少年变成用能力守护农田的研究者，萤从酿酒世家的继承人变成愿意陪他一起看菌的搭档，而《萌菌物语》最终让人看到，细菌不都是坏的，霉菌不都是脏的，那些藏在酒窖和酱缸里的小生命，跟人类一样在努力活着，也让观众明白，当芯片和机器人产业把世界变得越来越干净时，真正让生活有滋味的，是那些看不见却一直在发酵的小东西。