《手里剑战队忍忍者》的故事从战国时代那场惊天动地的忍界大战开始，以伊贺崎家为首的一群忍者拼尽全力打败了企图用恐怖统治天下的最凶最恶武将牙鬼幻月，可这家伙临死前留下了一个让人脊背发凉的预言，说四百四十四年后他将化为妖怪复活，再次用恐怖支配整个世界。时光飞逝，预言果然应验了，末代忍者伊贺崎好天跟复活的牙鬼幻月展开了一场惨烈决斗，好不容易把它封印进了四十八枚封印手里剑里，总算换来了一段太平日子。可好天万万没想到，自己最得意的弟子之一后来竟然背叛了他，那个叫蛾眉的家伙带着牙鬼军团卷土重来，把封印手里剑一枚一枚地解开，牙鬼幻月的一部分力量重新回到了世上，整个世界再次笼罩在妖怪的阴影之下。好天的孙子伊贺崎天晴是个满脑子只有“俺”的热血青年，性格冲动到让人头疼，可骨子里藏着一股不服输的韧劲，他从小被祖父训练成忍者，却总是不按套路出牌，整天喊着要成为超越祖父的最终忍者。天晴的弟弟伊贺崎风花是个冷静沉着的少女，她用旋风般的速度战斗，头脑却比谁都清晰，常常要替冲动的哥哥收拾烂摊子。他们的 cousin 加藤·克劳德·八云从英国留学回来，满脑子都是西洋的战术理论和科学思维，跟天晴那种凭直觉莽上去的风格格格不入，两人从第一天见面就开始吵架。伊贺崎凪是个温柔细心的女孩，擅长隐遁术，在战斗中总是默默守护着队友的后背。还有来自远方亲戚家的百地霞，她性格开朗活泼，擅长手里剑投掷，是队伍里最乐观的那一个。五个人组成了手里剑战队忍忍者，以赤忍者、蓝忍者、黄忍者、粉忍者和白忍者的身份，在现代都市的楼宇之间与牙鬼军团的妖怪们展开了殊死搏斗。蛾眉这个反派可不是普通的妖怪，他曾经是伊贺崎好天最信任的弟子之一，因为对力量的渴望和好天产生了分歧，最终走上了背叛的道路，他太了解伊贺崎家的忍术了，每一次交手都能精准地击中他们的弱点。牙鬼军团的妖怪们一个接一个地出现在城市的各个角落，有的能操控时间，有的能吸收人类的恐惧，有的能复制忍者的招式，天晴和伙伴们每一次都要豁出性命才能勉强取胜。在这条充满血与火的路上，五个人从最初的互相看不顺眼，慢慢磨合成了能把后背交给对方的生死战友，天晴在一次次战斗中被逼着收敛自己的莽撞，学会了当队长不只是冲在最前面，还要回头看看队友有没有跟上。八云也从一开始看不起这种靠本能打斗的野蛮方式，慢慢理解了忍者真正需要的是内心的强大而不是公式化的战术。他们的祖父好天虽然已经年迈，但每次危难时刻都会以意想不到的方式出现，给孙辈们指点迷津。随着封印手里剑一枚接一枚被夺走，牙鬼幻月的力量越来越强，忍忍者们的战斗也越来越艰难，他们遇到了来自过去的传奇忍者，也面对过内心最深处的恐惧和迷茫，天晴曾经为了保护队友差点丢掉性命，风花也曾经因为过于冷静而差点失去战斗的勇气。最终的决战在牙鬼幻月的完全复活中拉开帷幕，这个可怕的妖怪武将带着数百年的仇恨和恐怖卷土重来，忍忍者们在所有人都不看好的情况下，把五个人各自修炼的忍术融为一体，创造出了一种前所未有的合体技，在付出了惨痛代价之后终于将牙鬼幻月彻底消灭，可蛾眉在临死前却说了一句意味深长的话，说真正的恐怖从来不在妖怪身上，在人心深处。战斗结束后天晴没有停下脚步，他继续着“新最终忍者”的修行，还收了四个小徒弟带着他们一起修炼，忍者的火种就这样一代一代传了下去，而整部《手里剑战队忍忍者》用战国封印、妖怪军团、五兄妹并肩作战和热血成长把特摄战队系列最纯粹的友情和勇气拍得又燃又暖，主角名称包括伊贺崎天晴、伊贺崎风花、加藤·克劳德·八云、伊贺崎凪和百地霞，他们从各自为战到生死相托的转变贯穿了全部四十七集，也让观众明白，真正的忍者不是躲在暗处的人，是在最危险的时候还敢站在光里喊出自己名字的人，而《手里剑战队忍忍者》最动人的地方是它把家族的传承和跨越时代的羁绊绑在了一起，祖父封印的妖怪由孙子亲手终结，这份跨越四代人的使命最终在天晴那一句“俺是忍者”的呐喊中画上了句号。