《兽娘动物园》的故事从一片废墟中缓缓站起的少女开始，她失去了记忆，不知道自己是什么动物，甚至不知道自己的名字，唯一能确认的只有身上那件破旧的衣服和头顶一根奇怪的羽毛。她踉跄着走出废墟，推开门，阳光洒在她脸上，而草丛里一只耳朵尖尖的狞猫正偷偷盯着她，像盯着一个从未见过的稀奇物种。狞猫凑上来搭话，还没来得及自我介绍，一只巨大的天蓝怪就从她们身后钻了出来，那怪物浑身覆盖着蓝黑色的结晶，形状诡异，专门吞噬加帕里公园里的动物娘，狞猫吓得撒腿就跑，少女也跟着狂奔，两个人在森林里被另一只天蓝怪堵住去路，进退两难之际，一抹熟悉的黄色从树丛里蹦了出来，薮猫三下五除二解决了那两只怪物，帅气地落在她们面前。薮猫问少女是什么朋友，少女支支吾吾答不上来，肚子却先叫了，咕噜噜一声响，薮猫眼睛一亮，以为她叫咕噜噜，还紧张地补了一句不要吃我，少女赶紧摆手说才不会吃你们。薮猫和狞猫带她去驴子面包屋买了加帕里馒头和汽水，吃饱喝足之后，三个人在废墟里找到了少女以前的画本，画本上画着加帕里公园各个地方的场景，薮猫翻着翻着突然觉得这个少女很眼熟，好像很久以前自己曾经和一个人一起旅行过，可那段记忆模糊得像隔了一层雾。薮猫给她起名叫卡邦，决定带她去图书馆查清楚她到底是什么动物，于是三个friends踏上了穿越加帕里公园的旅程。路上她们遇到了斑嘴鸭，这只鸭子导游自带一种妈妈带孩子式的操心体质，一路上不停数着人头生怕谁掉队，到了车站遇上天蓝怪袭击，斑嘴鸭还学着野生鸭子的本能假装受伤把怪物引开，薮猫和狞猫趁机带着卡邦坐上轻轨逃走。轻轨上那只巨大天蓝怪追了上来，关键时刻一个神秘身影闪现，一击打退怪物又消失得无影无踪，卡邦只来得及看见那影子转身前的侧脸。旅程中卡邦发现自己什么都不会，跑不快跳不高也打不过天蓝怪，她沮丧地蹲在地上，薮猫却拍拍她的肩膀说没关系，每个friends都有自己擅长的事情，这句话像一颗暖烘烘的小石头掉进卡邦心里。后来的旅途中她们遇到了更多friends，美洲豹、驼鹿、狐狸、棕熊，每一个都有自己鲜明的个性和自己的小烦恼，卡邦一路上用人类特有的方式帮她们解决问题，比如用画本上的知识辨认方向，用一根绳子做出简单的工具，甚至用纸飞机引开天蓝怪，她渐渐意识到自己不是没有用，她只是还没发现自己擅长什么。到了图书馆，卡邦终于知道自己是什么了，她是人类，而加帕里公园很久以前曾经有人类存在过，薮猫记忆里那个模糊的身影就是以前和她一起旅行的人类朋友。故事的高潮在天蓝怪的老巢展开，薮猫被巨型天蓝怪吞了进去，卡邦为了救她，克服了自己内心所有恐惧，跑过草原爬过大树，用绳子飞越悬崖，最后跳进天蓝怪身体里把自己当诱饵，薮猫也为了救卡邦克服了动物怕火的天性，折出纸飞机引开怪物注意力，两个人在绝境中把彼此的命交给对方。朋友们从四面八方赶来，美洲豹、驼鹿、狐狸、棕熊、斑嘴鸭全来了，大家一起用各自的方式攻击天蓝怪，最终卡邦和薮猫从怪物身体里被救了出来。故事的结尾卡邦决定出海去寻找更多人类的踪迹，薮猫嘴上说再见，腿却诚实地偷偷跟上了船，两个人站在甲板上看着加帕里公园的海岸线越来越远，而那座公园里所有的friends都站在岸边挥手。整部《兽娘动物园》用加帕里公园、砂之星、天蓝怪、friends和人类少女卡邦把一段寻找自我的旅程拍得又萌又燃，主角名称包括卡邦、薮猫、狞猫、斑嘴鸭、美洲豹、驼鹿和棕熊，而《兽娘动物园》最动人的地方是它没有把人类写成比动物更高贵的存在，卡邦会害怕会哭会跑不动，可她愿意为了薮猫跳进怪物肚子里，薮猫也会怕火会想逃，可她愿意为了卡邦折出纸飞机冲向天蓝怪，这就是friends真正的含义，也让观众明白，勇气不是不怕，是怕得要死还是往前冲。