《世纪末超自然学院》从文明在 1999 年最后一天预言世界末日开始，超自然学院的学生们在学校礼堂里等着世纪末的钟声，有人哭有人笑有人抱着收音机听外面的动静，可零点过了，什么也没发生，世界没有毁灭，太阳照常升起，学院里那些研究超自然现象的教授们面面相觑，因为他们毕生研究的课题在一瞬间失去了意义。神代玛雅是学院里的优等生，她精通占星、通灵和古代咒术，可世纪末之后她发现自己什么都不会了，她站在学院的天台上看着外面的城市，忽然不知道自己该干什么。内田文明是转学生，他带着一副老式眼镜，说话慢吞吞的，他说自己来自 2012 年，那个世界已经毁灭了，他回来是为了阻止另一场灾难，玛雅说你有病吧，文明说你看这个，他从口袋里掏出一块会发光的石头，石头里映着 2012 年的画面，城市在燃烧，天空在撕裂，玛雅愣住了。学院里的其他学生各有各的怪癖，小野寺是研究 UFO 的，他每天用自制天线接收外星信号，安藤是研究灵异的，她能和幽灵说话，可幽灵说的全是废话，北村是研究古代文明的，他坚信玛雅人的预言被算错了，世界末日应该在 2012 年。文明告诉玛雅，2012 年的灾难不是天灾，是学院里的某个人打开了时间裂缝，把两个世纪末连在了一起，玛雅说你怎么知道，文明说我亲眼看见的，玛雅说那你为什么不阻止，文明说因为我当时只有十岁。两个人开始调查学院里的每一个人，他们发现教授们比学生更可疑，教超心理学的教授其实是个骗子，教古代咒术的教授藏着一本真的咒术书，教天文学的教授每天晚上都在观测一颗不存在的星星。时间裂缝在 2012 年的最后一天再次打开，文明站在裂缝前面，他必须选择回去还是留下，玛雅说你不是说要阻止灾难吗，文明说阻止灾难的代价是我不能和你在一起，玛雅说那你就别阻止了，文明说不行，玛雅哭了，她说你走了我怎么办，文明说你会遇见我的，在 2012 年，十岁的我，玛雅说那我要等十二年，文明说对不起。文明走进了裂缝，裂缝关上了，玛雅站在天台上，手里攥着那块石头，石头里的画面变了，变成了文明十岁时坐在孤儿院门口的样子，玛雅笑了，她说好，我等你。《世纪末超自然学院》把超自然研究、时间穿越和世纪末情结绑在一起，让每一次预言都像一场恶作剧，观众看着玛雅从相信末日到相信未来，会明白世纪末不是终点，是有人愿意用十二年等一个从未来回来的人。主要角色名称包括神代玛雅、内田文明、小野寺、安藤、北村和学院里的教授们，《世纪末超自然学院》最后让玛雅坐在学院门口的台阶上，日历翻到 2012 年，一个十岁的男孩背着书包走过来，问她你是在等人吗，玛雅说嗯，男孩说等谁，玛雅说等你，男孩笑了，说那你等到了。