《世纪末救世主传说 北斗神拳》从核战后的荒芜大地上一个干涸的河床开始，健次郎拖着沉重的脚步走在龟裂的土地上，他身上的皮衣已经磨得发白，胸口那七个伤疤像七颗钉在皮肤上的星星，他不知道自己走了多久，也不知道还要走多久，他只知道尤莉亚还在某个地方等他。核战争把文明烧成了灰，幸存下来的人没有重建秩序，而是用拳头建立了新的野蛮规则，强者掠夺弱者，暴力成为唯一的语言，而健次郎是这片废土上最沉默的旅人，他不想当救世主，他只想找到那个被抢走的女人。希恩是第一个挡在他面前的人，希恩自称拳王，手下有几百个骑着摩托的暴徒，他在废墟上建了一座城市，把尤莉亚关在城市最高的塔里，健次郎找到他的时候，希恩笑着说你还活着啊，然后两个人打了整整一集，健次郎的北斗百裂拳把希恩打成了筛子，可希恩死前说尤莉亚已经不在这里了，她去了南方。健次郎继续往南走，他遇到了巴托，一个偷东西的小男孩，巴托的村子被暴徒烧了，他一个人活下来，靠偷靠骗靠一双快腿，健次郎救了他，巴托从此跟着他，叫他大哥。还有琳儿，一个被村子抛弃的女孩，她因为能看见别人看不见的东西而被当成妖怪，健次郎把她从暴徒手里救出来，琳儿说你是来救我们的吗，健次郎说不是，琳儿说那你为什么救我们，健次郎说因为我路过。南方的拳王是拉奥，健次郎的亲哥哥，拉奥比希恩强十倍，他信奉力量就是一切，弱者不配活着，他要建立只有强者的新世界，健次郎在拉奥的城堡里找到了尤莉亚留下的痕迹，可拉奥说尤莉亚已经死了，健次郎不信，他和拉奥打了一场，输了，被打下悬崖，托奇把他救起来，托奇是健次郎的二哥，他得了绝症，可他的北斗神拳比拉奥更纯粹，托奇教健次郎什么是真正的悲伤，什么是真正的爱，健次郎在托奇的指点下重新站起来，他回到拉奥的城堡，这一次他没有输。拉奥在最后一刻承认健次郎才是北斗神拳的继承者，他把尤莉亚还给了健次郎，尤莉亚没有死，她一直在等，健次郎抱着她的时候，废墟上的风停了，巴托和琳儿站在远处看着，琳儿说大哥笑了，巴托说我没见过他笑。《世纪末救世主传说 北斗神拳》把核战废土、拳法对决和寻找爱人的执念绑在一起，让每一次出拳都带着世纪末的悲凉，观众看着健次郎从河床走到城堡，从沉默走到流泪，会明白救世主不是天生的，是有人在所有人都放弃的时候还愿意往前走。主要角色名称包括健次郎、尤莉亚、希恩、拉奥、托奇、巴托和琳儿，《世纪末救世主传说 北斗神拳》最后让健次郎牵着尤莉亚的手走向地平线，身后是巴托和琳儿的呼喊，他没有回头，因为他知道下一个需要他的人还在更远的地方。