《圣母在上第四季》从福泽祐巳在莉莉安女子学园樱花树下接到一张没有署名的圣母卡片开始，她本来已经是红蔷薇花蕾，和岛津由乃、松平瞳子一起忙着处理学生会交接，可卡片上只写了一句请找出被遗忘的妹妹，祐巳以为是恶作剧，直到小笠原祥子突然请假，支仓令在剑道部收到匿名信，藤堂志摩子把自己关在教堂，二条乃梨子翻遍旧档案，细川可南子看见一个穿旧制服的低年级生在后院徘徊，武嶋蔦子拍下照片，山口真美在图书馆发现十年前的退学记录，筑山三奈子坚持那只是恶作剧，可祐巳知道圣母在上第四季不会无缘无故开始，一定有人把秘密藏进了姐妹契约。剧中出现的主角有福泽祐巳、小笠原祥子、岛津由乃、松平瞳子、支仓令、藤堂志摩子、二条乃梨子、细川可南子、武嶋蔦子、山口真美、筑山三奈子、有马菜菜。祐巳没有声张，她先找由乃确认花蕾名单，又让瞳子去查旧宿舍，令在剑道部仓库找到一本日记，志摩子在教堂地下室发现旧照片，乃梨子从毕业册里拼出一个被涂掉的名字，可南子在后院遇见那个低年级生，对方自称是十年前红蔷薇的妹妹，因为没有完成契约被所有人遗忘，蔦子拍下她手腕上的旧念珠，真美查出她当年因家庭变故退学，三奈子终于承认自己姐姐也曾是候选，祐巳把所有人叫到圣母像前，让那个低年级生说出真相，原来她不是被遗忘，是自己选择离开，因为她觉得姐姐不需要她，可十年后她回来，只想确认姐姐有没有后悔。中段最动人的一场戏发生在山百合会馆，祥子带病赶来，红蔷薇、白蔷薇、黄蔷薇三大家族齐聚，旧照片被投在幕布上，日记一页页翻开，低年级生跪在圣母像前，祐巳没有逼她留下，只把卡片还给她，说被遗忘不可怕，怕的是你忘了自己也曾经被爱，祥子第一次在众人面前流泪，令握住由乃的手，志摩子为乃梨子祈祷，可南子抱住低年级生，蔦子关掉相机，真美递上手帕，三奈子道歉，菜菜唱起旧校歌。低年级生最终没有恢复姐妹身份，她选择转学重新开始，祐巳送她到校门，把念珠还给她，说以后想回来就回来，祥子在身后微笑，由乃和瞳子挥手，令和志摩子站在樱花树下，乃梨子和可南子追着花瓣跑，蔦子拍下最后一张合照，真美把照片贴进相册，三奈子写下新记录。《圣母在上第四季》用卡片、旧日记和一场地下室重逢，把姐妹情写成超越契约的羁绊，也让人明白圣母不是雕像，是有人愿意在你离开后还替你留着位置。