《圣域第二季》从艾登在圣域地下祭坛的冷石板上醒来开始，他记得上一季结尾自己亲手封住了裂缝，也记得玛雅在光里对他喊别回头，可此刻祭坛裂成两半，圣域上空的结界像碎玻璃一样往下掉，卢卡斯站在出口，眼神陌生，诺拉抱着古卷倒在血泊旁，维克多从外界带回消息，说山外军队已经包围山谷，伊莲在医馆里救治伤员，主教在钟楼敲响第十三声钟，塞缪尔从暗道出现，说真正的圣域从来不在山谷，而在每个信徒被偷走的记忆里。剧中出现的主角有艾登、玛雅、卢卡斯、诺拉、维克多、伊莲、主教、塞缪尔。艾登没有时间崩溃，他先背起诺拉去找伊莲，又让维克多守住北门，自己钻进记忆回廊寻找玛雅，回廊里全是圣域信徒的旧日片段，他看见玛雅小时候在河边放灯，看见卢卡斯被主教按在圣水池里洗脑，看见自己第一次进入圣域时被抹掉的记忆，原来圣域靠吸收痛苦维持结界，而玛雅一直偷偷把痛苦还给自己。卢卡斯奉主教之命关闭回廊，艾登与他打斗，却在最后一刻没有下杀手，因为玛雅曾经说过卢卡斯是第一个给她面包的人。中段最惊险的一场戏发生在血月之夜，主教启动献祭仪式，要把所有信徒的记忆一次性抽干，让圣域永远封闭，艾登、维克多、伊莲和塞缪尔分头行动，诺拉从古卷里找到反向咒语，维克多炸开北门放难民进山，伊莲用草药让守卫昏睡，塞缪尔在钟楼与主教对峙，艾登冲进祭坛中心，看见玛雅被吊在光柱里，身体透明得像一片冰，卢卡斯突然反水，用匕首割断绳索，主教暴怒，召唤记忆怪物，艾登抱住玛雅，把额头顶在她额头上，说出自己所有被她抹掉的记忆，怪物在光里融化，主教被塞缪尔用旧圣徽封住，血月落下，结界没有消失，却裂开一道向外的门。圣域第二季没有把胜利写成封王，而是让艾登带着失忆的玛雅走出山谷，诺拉成为新长老，维克多留在外界联络，伊莲开医馆，卢卡斯远走赎罪，塞缪尔守着钟楼，主教被囚在回廊，玛雅在春天醒来，不记得艾登，却对他笑了一下，艾登说没关系，我们重新认识。后来圣域变成开放小镇，诺拉研究不吸记忆的结界，维克多带商队回来，伊莲收学徒，卢卡斯寄来一箱种子，塞缪尔敲钟不再报灾，而是报时，玛雅在河边放灯，艾登站在她身后，灯漂到对岸，玛雅回头问他是不是以前认识我，艾登说可能吧，玛雅说那就从现在开始。最后，《圣域第二季》用祭坛、回廊和血月，把超自然社区的内斗写成关于记忆与放手的寓言，也让人明白真正的圣域不是没有痛苦的地方，而是有人愿意陪你记住痛苦，再一起走出去。