Fate/Apocrypha （命运/外典）的故事始于一段被隐秘篡改的历史。过去，在被称作冬木的城市，曾举行过由七位魔术师与七名英灵共同角逐的“圣杯战争”。然而，趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 岁月流转，数十年过去。以夺取的圣杯为象征，千界树一族高举叛旗，正式脱离魔术协会并宣布独立。震怒的魔术协会随即派遣出五十名精英刺客前往镇压，却在千界树一族所召唤出的Servant（从者）面前遭遇惨败。圣杯战争的规则被彻底打破，一场史无前例的七对七红黑阵营大规模圣杯战争就此拉开帷幕。 在罗马尼亚的图利法斯，红黑双方的十四名从者展开殊死搏斗。然而，在这场阵营厮杀的背后，隐藏着更深的阴谋——红方御主天草四郎时贞企图利用圣杯实现“全人类的救赎”。与此同时，失去御主的黑之Berserker（齐格飞）将自己的心脏移植给了濒死的人造人少年，赋予了其名为齐格的新生。获得短暂生命的齐格被卷入战争的洪流，为了探寻自身存在的意义与真正的自由，他毅然踏上了充满血与火的战场。 这是一场交织着狂热信念与悲愿的圣杯争夺战。人类与英灵的羁绊、理想与现实的激烈碰撞，将在这片土地上谱写出最为壮烈而残酷的史诗。