原作：XEBEC　　总监督：能户隆　　监督：羽原信义 系列构成：冲方丁　　角色设计：平井久司　　机械设计：鹫尾直广 道具设计：白井瑠子　　色彩设定：关本美津子 故事背景设定在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后。由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与异星存在“Mir”对话的手段，这为岛屿带来了全新的可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行着战斗的准备，一边摸索着理解敌人“Festum”的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化——理解Festum语言的少女与被Festum所守护的少女，当两人相遇之时，通往新世界的大门即将开启。 2150年6月25日，在残存人类极少的生存圈，夏威夷岛遭到Festum的突然袭击。新联合国下达了冷酷的交战规定Alpha命令，将岛屿连同生存者一起烧尽。在爆炸中心附近，纳雷因将军发现了一名被Festum保护着的神秘少女。 在那之后的一年，龙宫岛度过着与以前并无二致的和平日子。在与来主操的对话之后，岛屿再次从世界的视野中消失。真壁一骑等人走下了法芙娜的驾驶舱，将后辈广登等人作为岛屿防卫的重点。然而，随着一架人类军输送机意外造访龙宫岛，他们再度被卷入残酷的战争之中！ 为了救援被Festum追赶的人类军输送机，法芙娜部队时隔两年准备出击。广登、里奈、晖、芹以及真矢五台机体迎战人面狮身型敌人。尽管驾驶员们面带笑容地乘上法芙娜，但心中并无对战争的兴奋。战斗初期，法芙娜部队逐渐取得优势，但积累了经验的敌人学得了新的战斗方法并将其运用。战况不久后便从优势转为劣势，岛上的驾驶员们面对敌人前所未见的战法而陷入困惑。此时，意想不到的增援与他们会合，并开始援护广登等人。 曾经，主人公真壁一骑和皆城总士居住在平静的龙宫岛。某日，天空中传来“你在那里吗？”的呼喊，紧接着未知生命体Festum从苍穹之间袭来。一骑等人这才得知，早在29年前，由于Festum的侵略，日本列岛已经不存在于地球的版图上。原以为自己在和平年代生活的一骑等人，被动地卷入了人类与Festum的生死存亡战中，驾驶着人类为了防御Festum读心能力而开发的最终兵器——法芙娜。在这场激烈而又凄绝的战斗中，等待他们的究竟是怎样的命运？