从人类的思想与情感中诞生的「e-脉冲」，被开发作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源而被广泛运用。然而，在社会因科技获得显著发展的繁荣表象背后，恐怖的怪物悄然降临——那是吞噬「e-脉冲」并不断进化的神秘生命体「数码兽」。少年天马智郎原本对周遭事物总抱以冷眼旁观的态度，却因「壁虎兽」突然从辅助蛋中现身，命运被彻底改写，意外被卷入了一个充满未知的非日常世界。在与以赚取赏金为生的团队「黄金黎明」（Golden Dawn）成员——领袖泽城响、前卫咲夜蕾娜、分析员久远寺诚等人共同生活的过程中，天马智郎逐渐找到了羁绊，并重新下定了战斗的决心。在这场交织着危机与希望的交锋中，人类与数码兽究竟将共同描绘出一个怎样的全新未来？
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