隋朝末年，天下大乱，群雄并起，烽烟四起，百姓流离失所。在这乱世之中，十三个出身迥异的平民百姓皆被残局逼入绝境。历经无数腥风血雨，他们怀着家仇国恨遁入空门。然而，黑暗势力依然步步紧逼，在死亡的阴影下，他们为求自保苦练武功。最终，为了天下太平，这十三位少林武僧救护明君李世民，助其剿灭凶残的王世充，谱写了一曲气壮山河的英雄壮歌。太尉王世充野心勃勃，企图篡位夺权。他挟持幼主杨侗，大肆屠杀异己，视天下武林人士为最大威胁，遂下达严酷的“禁武令”。其侄子王仁则与义子王仁义武功高强，充当其鹰犬。短短一个月内，洛阳地区的武林门派如神剑山庄、白猿圣手、霸王枪、龙爪派、银钩门等几乎被扫除殆尽。最终，这把血腥的屠刀指向了与世无争的方外净地——少林寺。少林寺武术总教头昙宗武功冠绝武林。王世充为收为己用，命王仁则强邀昙宗下山，并设下“板凳阵”、“内功”、“机关”与“蒺藜阵”重重考验，欲聘其为府中首席教头。无奈昙宗一心向佛，淡泊名利，婉言谢绝。王世充恼羞成怒，竟将自己八年前谋害江都督造张衡一家的灭门血案嫁祸给昙宗。此计致使张衡长子张天保背负暗器箱夜闯少林，暗放毒蛇，三番两次欲置昙宗于死地。王世充还买通卖艺人佟锐、佟铃兄妹，设下夺命陷阱谋害昙宗。为充填金库，王世充又假公济私查抄洛阳首富高达一家，杀害高家三十六口人，吞没所有产业。唯独高家浪荡公子高飞扬侥幸逃脱。为报血海深仇，高飞扬深山学艺。面对王世充的无情追杀，慌不择路的他闯入魏王李密的军营，结识了憨厚的大块头九斤与一代枭雄程咬金。不料李密后来竟投向了王世充，高飞扬只好随程咬金、秦琼及九斤四人委曲求全，寄身于虎穴之中，危机四伏，随时可能丧命。佟锐、佟铃兄妹本在洛阳城以卖艺为生，怎料佟铃被性好渔色、蛮横霸道的王仁则相中。王仁则处心积虑欲霸占佟铃，幸得朴实农民周锦福相助，暂避一劫。佟铃与兄长失散后无依无靠，便住进周家，两人耳鬓厮磨，日久生情，论及婚嫁之际却撞见兄长。佟锐极力反对婚事，此时佟铃再次被王仁则掳走。她抵死不从，最终被逼自杀身亡。王仁则的恶行令佟锐与周锦福痛恨不已，两人虽武功不济，却毅然滋生出复仇之火。此时，王世充疏于政事，听从江湖术士桓法嗣之言，残害忠良，图谋篡位。而桓法嗣表面辅佐王世充，实则暗中加速其灭亡。与此同时，张天保与王世充之女王玉凤青梅竹马，自幼订有婚约。当年王世充为博隋炀帝之宠杀害张衡一家，长子张天保侥幸逃脱，王世充却别有用心地留下其弟张天永，并改其名为王仁义。情人诀别、兄弟相残，一场更为残忍且刻骨铭心的恩怨纠葛就此展开。王仁义野心勃勃，欲先成为郑国驸马，再除去王仁则，最终收拾王世充以报家仇，可惜事迹败露。烽烟四起间，昙宗隐隐感到天下大乱。为保寺济民，他创立了由八卦与五行组成的“罗汉奇门棍阵”，此阵必须齐聚十三人。于是，昙宗在躲避追杀的同时寻觅可造之材，历尽艰险，收录了农民周锦福、官宦子弟张天保、落魄大少高飞扬、江湖艺人佟锐、阴沉术士桓法嗣、嗜武如狂的姚汉武、憨直的马弁九斤、改邪归正的王仁义，以及少林寺的僧丰、僧满、道广、智守和昙宗本人，终成十三棍阵！李世民为救民于水火，领兵讨伐洛阳。王世充守城不出，两军隔河对峙。李世民为探军情，率秦琼、程咬金微服渡河，不料被王仁义所擒。昙宗为早日平息战乱，自告奋勇率领弟子冒死潜入洛阳城营救。师徒十三人冲进固若金汤、机关遍布的天牢，施展少林绝技营救李世民，随后攀越城头直闯王宫，劝王世充放下屠刀。王世充执迷不悟，命禁军疯狂狙杀，好一场惊心动魄的恶战！唐军最终取得空前胜利。李世民封昙宗为“大将军”，请他与十二武僧随军征讨。然昙宗清心寡欲，不愿为官，情愿重回少林寺，重整寺院，振兴少林武学。其高风亮节，不仅令李世民钦佩，更令世人永远景仰！历史证明，没有十三棍僧，便没有大唐王朝！