明朝嘉靖年间，嘉靖帝昏庸无能，朝廷被严党把持，内部朝政腐败，沿海倭寇横行，整个朝野被牢牢掌控在奸相严嵩之子严世蕃的手中，明朝危在旦夕。少林寺观海方丈隐居达摩洞后，少林僧众既心忧国难，又对前程一片迷茫。南京城内，南京总兵程肃之子程闻道天资聪慧、少年得志，本欲与青梅竹马的郡王府郡主李蓁蓁喜结良缘。然而，这一文一武两家的联姻，却引起了朝廷高官明德的恐惧。于是，明德设计提拔程闻道的结拜弟兄高剑雄，并假传圣旨将程闻道一家灭门。心存愧疚的高剑雄放了程闻道一条生路，但两人从此结怨。重伤的程闻道被少林僧人救回少林药局救治。他与海大力等新收的俗家弟子皆与严氏父子有灭门之仇，因天分极高，被分别安排到达摩堂、药局和般若堂苦修武功、医道和禅学。一段关于“禅、武、医”的问道故事就此展开。为了达到控制少林为己所用的目的，严世藩借平倭之名调走了少林武僧团，又勾结少林叛徒疯头陀霸占少林，把一方禅林净土变成了人间炼狱。练功有成的程闻道等人在观海大师的暗中帮助下，带领少林僧众与疯头陀和严党周旋，最后铲除了疯头陀，并协助朝中的正义之士扳倒了严氏父子。《少林问道》中，古朴淡雅的色调，结构紧凑的故事，性格鲜明的人设，为人称道。该剧在历史背景下阐述了国仇家恨，描述了僧、将、儒之间的纠葛，把道义、情义、命义、禅意融合其中，让人体会个中道理。除了故事情节之外，该剧客观呈现了明朝时期的社会风貌和世俗民情，秉承禅宗和少林寺的思想内核，塑造人物命运，充满禅意。