“夏亚的反叛”（第二次新吉翁战争）结束12年后，时间来到宇宙世纪105年（U.C.0105）。一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织，开始以暗杀政府高官的激进方式对抗强权统治的地球联邦政府。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，竟是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年战争英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。神秘少女琪琪·安达露西亚展现出的超常能力，唤醒了哈萨维深埋心底的创伤回忆。尽管被少女晦涩的言语所动摇，哈萨维仍决心实现马夫蒂的目标，让自己过去的阴影得以安息，并为即将对阿德莱德会议发动的空袭做足准备。与此同时，负责追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格正紧锣密鼓地部署阿德莱德会议的防御行动与剿灭计划，此时，刑事警察机构的汉德利·约克森向他提出了一份秘密提案。在哈萨维与凯奈斯各自为实现目标而采取行动时，琪琪亦为了履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。
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