《桃源暗鬼 ～日光・华严之泷篇～》接在京都和练马那两场恶战之后。罗刹学园的学生们，在那几场刀光剑影的生死较量里，被狠狠淬炼了一遭，一个个肉眼可见地硬了起来。可越是见识过战争的残酷，四季心里那个结就系得越紧 —— 鬼与桃太郎之间，缠了不知多少代的世仇，他该站哪边，他的血脉又该把他推向哪边，这些念头压在他心头，一天比一天沉。而就在学园好不容易要喘口气的时候，队伍里出了岔子。夜刀 —— 那个一向我行我素的同伴，听不进武罗野关于 "同伴有多重要" 那套道理，索性一甩袖子，从学园里走了。他这一走，不是回老家，也不是去散心，而是奔着鬼方那边最激进的势力去了 —— 那支由桃井隼人领导的 "鬼之军团"，成天喊着的口号，是 "把桃太郎彻底消灭干净"。夜刀觉得，既然这世道不是鬼死就是桃太郎亡，那不如干票大的，跟着能把天捅破的人走。四季一听这事，眉头先拧了起来。鬼之军团那套 "斩草除根" 的路数，听着痛快，可一旦动起手来，连老弱妇孺、那些从没拿过刀的无辜平民，也一样逃不过。四季不在乎自己站哪边，他在乎的是，有没有人会被殃及。他放不下夜刀，也放不下那些可能被战火卷进去的人。于是他咬咬牙，撇下刚安稳下来的学园，动身去追夜刀，一门心思要把他拉回来。可这趟追人的路，越走越邪门。四季一路往日光赶，却听说华严之泷瀑布顶上，藏着一个来路不明的研究设施 —— 那地方大门紧闭，透着股说不出的阴气，据说里头在搞一些惨无人道的实验。消息传到四季耳朵里，他脊背一凉：那地方，跟鬼之军团脱不了干系，也跟这场越烧越旺的世仇脱不了干系。夜刀这一去，怕是要被卷进更大的漩涡里。追到日光，四季才真正看清，事情比他想的还要凶险。鬼之军团那边盘踞的势力盘根错节，那座研究设施里藏着的，更是足以颠覆鬼与桃太郎平衡的东西。夜刀陷在里头，进退两难，一边是他认定的 "大义"，一边是昔日的同伴情谊，他自己也快被这两股力撕成两半。而四季这边，也没好到哪儿去。他身体里那股鬼神之力，是个双刃剑 —— 觉醒的时候能给他压倒一切的力量，可一旦压不住，他自己先要被那股狂暴吞掉。当初在京都的伤还没好利索，他硬撑着去接夜刀，结果没能控制住力量，又一次被压趴在地上。就在他以为这局要彻底输了的时候，那个老被他们当成累赘的 "最强辅助"—— 牙医，一声怒吼，硬是把四季的血条给顶满了。四季缓过这口气，再一次解放了那股鬼神之力，咬着牙，从泥里爬了起来。日光那片被瀑布水汽笼罩的山野，就此成了另一场大战的舞台。四季带着重新燃起的力气，追着夜刀，撞上鬼之军团的铜墙铁壁，也一头扎进那座华严之泷顶上研究设施的真相里。他和同伴们，又一次被推到了鬼与桃太郎这场世仇的最前线。《桃源暗鬼 ～日光・华严之泷篇～》讲的，就是四季为了拉回走偏的同伴、也为了阻止一场更大的灾祸，在日光这片土地上面临前所未有的强敌，再次踏上反抗之路的故事。